NetCommonsを使ってみたいという希望がありまして・・・
NCの動作環境を見ると、FreeBSD 6.1-RELEASEでは動作確認済みということですが、さくらのほうはFreeBSD 7.1（記事投稿時）ですので、ちょっと不安だったのですが、インストールしてみたら普通に使えました。
補記（5/14）：
NCのインストールマニュアル（「NetCommonsの歩き方」）
http://www.netcommons.org/nc20/nc20_manual/japanese/admin_manual/index.html
新規インストールの前準備」では、htdocs他のパーミッションをchmod 777に変更するとあるが、さくらのサーバではこれだと駄目で、「http://ファイルを移動したディレクトリまでのURL/htdocs/にブラウザでアクセス」してもインストールウィザードの画面にならずにエラーになってしまう。（さくら側ではディレクトリとファイルのパーミッションを755か705のいずれかと指定している。）
htdocsのパーミッションを755にすると解決する。
